Ada nüfusunun karışıklık gösterdiği gibi Madagaskar'ın doğası da ekosistem çeşitliliğiyle simgelenmektedir.Hayvanların yüzde 80i (80%) ve bitkilerin yüzde 90u (90%) Madagaskar adasına özgüdür ve hemen hemen her bölgenin görülmeye değer peyzajı mevcuttur.Ulusal doğal parklar,adanın diğer sakinleriyle tanışmak ve kaynaşmak için en uygun ortamı sağlamaktadır.Örneğin: Montagne d'Ambre, Ankarana, Masoala, Baly, Ankarafantsika, Andasibe Mantandia, Bemaraha, Ranomafana, Andringitra, Isalo, Tsimanampetsotse, ...
Madagaskar'ın faunasinin yüksek enderlik oranı ve yırtıcı hayvanların bulunmamasıyla Afrika kıtasının hayvan topluluğundan farklı olduğu kabul edilmektedir.Kanatlarının altındaki Kuyrukları 20 sm'i aşan "komet"ler gibi,bazıları koleksiyoncular tarafından dünyanın en büyük kelebeği olarak bilinen omurgasızların 100 000 türünü barındırmaktadır. Adada yaşayan sürüngenlerin ve kurbağaların ise yüzde 95’ikadar tükenmekte olan türlerlendir.Scaphiophryne Marmorata‘ nın asker kıyafetini andıran yeşili, Discophus Antongili’nin kıpkırmızı ten rengiyle kurbağalar burada en beklenmedik renkleriyle karşımıza çıkabilmektedir. Bukalemunlar (lemurlar olduğu gibi) adeta adanın amblemi, zira Madagaskar’da (boyu 10 sm’den az olan bukalemunların en küçüğünden 70 sm’yi aşan boyu olan bukalemunların en büyüğüne kadar) bilinen türlerin üçte ikisi hayatta kalmaktadir.
Kuşların 350 türlerin içinde birçok çeşit enderde bulunmaktadır.”Vangidae”ler boylarıyla, renkleriyle ve ağızların şekilleriyle birbirinden 14 ayrı çeşide gelişmiştir.20 yırtıcı çeşitlerden kızıl baykuş, Amerika’daki beyaz başlı kartala benzeyen Madagaskar pigarkı (Pygarque de Madagascar) ve onlarca çeşitlerden sadece kırka yakın sayıda birey yaşamaktadır.
Etçil hayvanlardan ise ülkede 7 çeşit barınmaktadır ve en büyüğü pumaya benzeyen teniyle kuyruğuyla birlikte boyu 1,50 metreyi aşan Fosa’dır.Böcekçillerden ise trandraka (fransızca adıyla Tenrec) kirpiye benzer görünüşüyle tavşanın boylarıyla fark yaratmaktadir.
Madagaskar’ın amblemi olan memeliler ise lemurlardır.Gündüz veya gece hareketli olan, fare boyu ile küçük çocuk boyu arasında değişen lemurlar “patlama”göstermektedir, zira şimdi büyük sayıda çeşitlerin bulunmasına rağmen yeni türler keşfedilmeye devam ediyor.Örneğin Lepilemur Seali, Lepilemur Mitsinjonensis,gece hareketli ve yalnızca 300 gr ağırlığında olan Mirza Zaza veya Microcebus Lehilahitsara.Ancak adanın en ender lemuru ,1966’ta yok olmaktan kurtarılmış, ve birçok hayvanların özelliğini (tavşanın dişleri, yarasanın kulakları,yabani domuzun tüyleri, maymunun elleri ve tilkinin kuyruğu) taşımakta olan “Aye Aye” lemurudur.
Flora:
Madagaskar’ın bitki örtüsü birçok natüralisti hayrete düşürmekle birlikte bazıları (Alfred Grandidier gibi) hayatını kendilerine adatmıştır adeta.
Güneyin çalılık arazisinden doğunun zengin yağmur ormanlarına kadar, Madagaskar birçok yükseklik, sıcaklık ve plüvyometri (bir bölgeye düşen yağmur miktarı)çeşitliliği tanımaktadır.Bütün bu çeşitlilikler ise onlarca ekolojik oyuğu oluşturmaktadır.
Batı bölgesinde baobablar hükmetmektedir.Baobab konusunda Avustralya 2 tür ve bütün Afrika 1 tür barındırırken Madagaskar 7 farklı baobab çeşidine evsahipliği yapmaktadır.Bitkiler bu adada bitkiler en beklenmedik şekilleriyle karşınıza çıkabilmektedir, örneğin çam ve güneş şemsiyesi şeklindeki sütleğenler (euphorbia),sapı yalnızca yağmur mevsiminde yeşillenen liana adlı tropik sarmaşıklar ...
Güneyin çalılık arazisinde, didieraseler (asıl: didieracée) dev kaktüs görünümünde girilmez orman oluşturabilir.Dallarını boncuk dizisini andıran Euphorbia Alluandi adlı sütleğen kendisine sosis ağacı lakabını kazandırmıştır.
Güneyde, şu ana kadar bilinen 38 aloès türünün arasında, “Aloe Vaombe”kuşkusuz Madagaskar’ın en güzel bitkilerinden biridir (Zira 100 çiçek demetine kadar açabilir ve çevreyi büyülüyor)
Doğu ve Kuzey doğu ormanlarında yollarınızı kayalardan, topraklardan, ağaç gövdesinden ve dallardan çıkan bitki rtüsünün arasından bulmak zorundasınız.Burada bazıları hikayeleri anekdotkara dayanan 1000den fazla orkide çeşitliği kaydedilmiştir.
Alfred Russel Wallace, 35 smlik mahmuzu olan Angraecum Sesquipedale’yi incelediğinde, hortumu bu uzunlukta olan bir böceğin var olduğunu ve çiçeğin derinliğindeki nektarı toplayabildiğini iddia etmişti.Ancak araya 40 yıl geçtikten sonra aynen Wallace’in betimlediği gibi bir kelebek türü keşfedilmişti ve bu böceğe Xanthopan Morgani Praedicta ismi verilmişti.